מערכת החיסון היא מכלול מורכב של איברי ומולקולות שתפקידם להגן על הגוף מפני פלישה של מיקרואורגניזמים פתוגניים, כגון חיידקים, נגיפים, פטריות וטפילים שונים, וכן מפני רעלנים והתפתחויות סרטן, בין מרכיביה השונים של מערכת החיסון קיימים יחסי גומלין ענפים, המאפשרים להם לפעול באופן מסונכרן ומותאם נגד פולשים.
שם הפרשה כשם הספר, במדבר. במשנה הוא נקרא "חֻמַּשׁ הַפְּקוּדִים" (יומא, פ"ז, מ"א). על שם המפקד בו הספר פותח. הפסוק הפותח את הפרשה הוא "וידבר ד' אל משה במדבר סיני…" (במדבר, א', א'). החלופות בין השמות כל אחת מבטאת נושא מרכזי, ובזו האחרונה הנושא המרכזי הוא קורות ישראל בארבעים שנות מסעותיהם במדבר. פתיחה זו היא חריגה מן האופן המקובל שאין מציינים היכן נאמרו הדברים אלא באופן כללי, הפעם מציינים מיקום, "במדבר סיני", עובדה זו הביאה את המדרש להקשות למה במדבר סיני? (במדבר רבה, א', ז'). מדוע הדגישה התורה הפעם את המיקום?ותשובת המדרש "…בשלושה דברים ניתנה תורה, באש ובמים ובמדבר… ולמה ניתנה בשלושה דברים הללו, אלא מה אלו חינם לכל באי העולם, כך דברי תורה חינם הם" (שם). המדרש רואה את המדבר מקום מתאים למסירת התורה, במדרש אחר מובאת רשימה של דברים שעלו מן המדבר "מי זאת עולה מן המדבר, עילויה מן המדבר, תורה מן המדבר, משכן מן המדבר, סנהדרין מן המדבר… כל מתנות טובות שנתן הקב"ה לישראל, מן המדבר" (שיר השירים רבה, ג', ד'). המהר"ל מפראג בהתייחסו לנתינת התורה דווקא במדבר כותב את הדברים הבאים, "..מפני שאין בו דבר חומרי, שהרי אין בו מציאות חומרי, ואין דרים בו הנבראים החומריים רק היא שממה וצייה… ובשביל כך נתנה התורה שהיא השכל הגמור במדבר…בעבור שלא נמצא בו דברים הגשמיים…" (תפארת ישראל, כ"ו), לדבריו, התורה ניתנה במכוון במקום המבטא ריחוק גמור מהתלות בחומרי, הרחק מהציביליזציה, המדבר עבור עם ישראל הייתה סדנא שנמשכה ארבעים שנה.
למעשה, מערכת החיסון פועלת כל הזמן, אך אנו נותנים את דעתנו עליה בדרך כלל רק בעת "כישלון". התחום בביולוגיה העוסק בפעילות מערכת החיסון נקראת אימונולוגיה. כדי להגן מפני פתוגנים התפתחו מספר מנגנונים המזהים ומנטרלים אותם. אפילו במיקרואורגניזמים פשוטים כמו חיידקים קיימת מערכת אנזימים המגנה עליהם מפני זיהום נגיפי.
הרמב"ן פותח את פרשנותו לספר במדבר וכותב, "אחר שביאר תורת הקורבנות, (ספר ויקרא), התחיל עתה לסדר בספר המצוות שנצטוו בעניין אהל מועד…עתה יגביל המשכן בהיותו במדבר כאשר הגביל הר-סיני בהיות הכבוד שם…והספר הזה כולו במצוות שעה שנצטוו בהם בעמדם במדבר…". בניגוד לספר ויקרא, העוסק בתורת הקורבנות, בחוקי הטומאה והטהרה, כעת בעת הליכתם במדבר יפגשו את א-לוקים בחיים, הקדש לא יהיה במשכן, משכנו של הא-ל, את הקדש יפגשו ישראל בחיים, על כן ספר במדבר אומר הרמב"ן מחייב הצבת גבולות ברורים, המדבר הוא מרחב חסר גבולות ברורים ונטול הגדרות יציבות. הוא מקום ללא מבני קבע וללא עיצוב תרבותי שמעגן ותוחם את הכוח היוצר לאפיקים בטוחים. הרב קוק בסידורו 'עולת ראי"ה' מבאר שבכוונת תחילה עם ישראל גדל במדבר כדי שלא תהיה עליו שום השפעה זרה, "ד' בדד ינחנו ואין עמו אל נכר". אם היינו נכנסים מיד לארץ, כמו שהיה מתוכנן מלכתחילה, מבלי לסבוב את ארץ אדום, היה עלינו להתמודד מיד עם שאר העמים. התמודדות זו הייתה לא קלה, כפי שאנו רואים שבהזדמנות הראשונה שראו בני אדם חטאו בבנות פעור אם כן, ודאי היו חוטאים אם היו נכנסים מיד לארץ ישראל, וגרים בשכנות עם שבעת העמים שגרו בארץ. לכן סבבו עם ישראל במדבר וגדלו שם, במקום שבו אין שום השפעה חיצונית. לפי זה תקופת המדבר היא לא רק תלות בד', ולא רק זכות וחסד לעם ישראל, אלא גם תקופת חינוך שחייבת להתבצע במקום מבודד, חממה שבה אין השפעות אחרות שיפריעו לתהליך החינוך.
מערכת החיסון מסוגלת להבחין בין "עצמי" ל"זר", כלומר בין מולקולות ותאים השייכים לגוף עצמו, לבין מולקולות ותאים ממקור זר, באופן אשר מבטיח כי התגובה החיסונית תופעל אך ורק כנגד גורמים זרים לגוף. הבחנה זו בין "עצמי" ל"זר", מכונה סבילות חיסונית, והיא מהווה מנגנון חיוני שתפקידו למנוע גרימת נזק עצמי לגוף.
הרמב"ם בבארו עניין יסודי בטעמי הקורבנות כותב כי יש מטרה ויעד סופיים ואמתיים, מול מטרה ויעדי ביניים. עם ישראל שנה לאחר יציאתו ממצרים לא היה מסוגל להיכנס לארץ – נפשם עדיין הייתה נפש של עבד, לכן העם נבהל כל כך מדבריהם של המרגלים, התוצאה של שליחת המרגלים הייתה ארבעים שנה במדבר, עד שהעם יתחשל ויהיה ראוי להיכנס לארץ למרות הקשיים. "מפני יראת מה שלא היו יכולים לסבלו לפי הטבע, אל דרך אחרת עד שתגיע הכוונה הראשונה… כי כמו שאין בטבע האדם שיגדל על מלאכת עבדות בחמר ובלבנים והדומה להם ואחר כן ירחץ ידיו לשעתו מלכלוכם וילחם עם ילידי הענק פתאום…" הצורך להסב את עם ישראל דרך המדבר ולא להכניסם בדרך הקצרה היה כדי שילמדו גבורה, ההליכה במדבר מחשלת, (מורה נבוכים, ח"ג, ל"ב). ר' שמשון רפאל הירש בלשונו הזהב הוסיף וכתב על החוסן הנפשי הנדרש כדי להינתק מעברם התלותי, "מראה לנו הכתוב, כי טרם הגיע העם אל אותה מדרגה אידיאלית ולא היה בו אפילו שמץ כלשהו מאותו הכוח ומאותו אומץ הלב שעל ידיו יכול היה לכבוש לעצמו את חירותו ולקיימה במו ידיו... החרב לא נעדרה ממותנם, אך אומץ הגבורה ורוח הלחימה נעדרו מלבם ובעיקר הם חסרו את מידת הביטחון בהשם, אותה מידה הנותנת לאדם רצון ואומץ לב, כוח והתלהבות לכל דבר ובכל הנסיבות". הנצי"ב מוולוזי'ן בפירושו 'העמק דבר' מציע הסבר מרתק מדוע עם ישראל לא נכנס לארץ בדרך הקצרה ביותר, "ואם היה מוליכם דרך ארץ פלישתים … לא היה בזה להרגילם ולהעמידם על צורה המיוחדת שלהם". כלומר, הנצי"ב הופך את כל העניין "למסע חינוכי" של עם ישראל, בהליכה מהירה ו"ריצה" לארץ ישראל לא היה מתקיים חלק חשוב מייעוד העם והכשרתו. תהליך שינוי של זהויות, מזהות של עבד לזהות של בן חורין, אל לו להיעשות בלחץ ובמהירות, אלא עליו להתנהל, בשיטתיות, במשנה סדורה, עקב בצד אגודל, יש לבנות חוסן פיזי ורוחני כדי להתמודד עם האתגר הגדול של ירושת הארץ.
כאשר קיים פגם או ליקוי במנגנון הסבילות החיסונית עלולות להתפתח מחלות אוטואימוניות שבהן מערכת החיסון תוקפת מרכיבים עצמיים של הגוף. אימונו-אונקולוגיה הוא תחום מתפתח, הנמצא בחזית הטיפול בסרטן. טיפולים אלו מעוררים את מערכת החיסון של הגוף להתכוון ולתקוף את הגידול, הנסתר ממערכת החיסון או מעכב אותה.
הרב משה צבי נריה זצ"ל ביאר מדוע לא כבשנו את ירושלים כבר בשנת תש"ח בהקמת המדינה? מדוע נאלצנו לחכות תשע עשרה שנה? שאלה זו שאלה הרב נריה יומיים לאחר שחרור העיר העתיקה, מדוע לא נתן ד' את ירושלים בידינו אז, בתש"ח, ובמה זכינו שהיא תוחזר לנו עתה? הרב נריה ענה על כך כי הסוד של ירושלים הוא אחדות. "ירושלים – עיר שחוברה לה יחדיו, עיר שעושה כל ישראל חברים" (ירושלמי, ב"ק, פ"ז, ה"ז). בתלמוד הבבלי רמוזה תשובה זו בהקשר לשערי ירושלים. את קורבן הפסח ניתן להקריב רק בירושלים, התורה אומרת "לא תוכל לזבוח את הפסח באחד שעריך" – התלמוד דרש מפסוק זה "לא אמרתי אלא בשעה שכל ישראל נכנסים בשער אחד" (זבחים, קי"ד, ע"ב). לפני תשע עשרה שנה, פרץ הפלמ"ח דרך שער ציון, ואלו חיילי האצ"ל עמדו לפרוץ דרך שער שכם. מפולגים ומפורדים היינו. אילו הצלחנו אז היו תולים כל אחד את ההצלחה לחלקו ולסיבתו, ירושלים, הייתה הופכת לסלע מחלוקת, "ירושלים לא נתחלקה לשבטים", היא ניתנה לעם ישראל כולו… ירושלים באה להרבות שלום בעולם. ולכן, רק עתה, כשנכנסנו כולנו דרך שער אחד – שער האריות, כשהצבא אחד – צבא הגנה לישראל, כשמאחורינו עומדים בלב אחד כל אחינו אשר בתפוצות הגולה, רק עתה זכינו למאורע הגדול – המחזיר שכינתו לציון החזיר לנו את ירושלים. במלחמת השחרור היינו מפולגים, אצל, לח"י, הגנה. כל אחד בשער אחר. במלחמת ששת הימים היינו מאוחדים, כולם פרצו יחד דרך שער האריות, צבא אחד, וממשלת אחדות. (מועדי הראי"ה, עמ' ת"פ). בניינה של ירושלים תלוי באחדות בינינו. חכמינו בגמרא אמרו, שירושלים חרבה בגלל שנאת חינם (יומא, ט' ע"ב). הרב קוק לימדנו, שכשם שנחרבה ירושלים בגלל שנאת חינם, כך תשוב ותיבנה בגלל אהבת חינם, "ואם נחרבנו, ונחרב העולם עמנו על ידי שנאת חנם, נשוב להבנות והעולם עמנו יבנה, על ידי אהבת חנם" (אורות הקודש ג' שכ"ד).