החיסון הוא אמצעי ריפוי מונע, שמונע השפעה של גורמים מזיקים לבריאות כגון נגיפים ומחלות שונות, לפני שהם פוגעים בגוף. תכלית החיסון היא לאמן את מערכת החיסון וללמד אותה להכיר מחוללי מחלות ובהם פתוגנים שהמערכת אינה ערוכה להתמודד מולם. חיסונים הם ממצילי החיים הגדולים בתולדות האנושות.

בפרשת דברים מובא הפסוק "וְנִשְׁמַרְתֶּם מְאֹד לְנַפְשֹׁתֵיכֶם כִּי לֹא רְאִיתֶם כָּל תְּמוּנָה בְּיוֹם דִּבֶּר ד' אֲלֵיכֶם בְּחֹרֵב מִתּוֹךְ הָאש" (דברים ד' ט"ו). במקום נוסף נכתב "הִשָמֵר לְךָ וּשְמוֹר נַפְשְךָ מְאוֹד פן תשכח את הדברים אשר ראו עיניך ופן יסורו מלבבך כל ימי חייך" (שם, ד' טי'). המשמעות המקורית של פסוקים אלו מתייחסת ללקחים רוחניים ממעמד הר סיני, משמעות שהיא משמעות תיאולוגית אמונית. אנחנו חייבים לשמור את נפשותינו שלא לסטות אחר אמונות זרות, אחר הגשמת הא-לוהות, אחר הפסל ואחר המסכה. לעתים יש תחושה כי איסורים אלה כבר אינה מאיימת עלינו כלל וכלל, אף על פי כן, יש לציווים האלה משמעות רלוונטית מאוד. גם כיום ניתן לדבר על צורות שונות המעוותות את עבודת הא-לוהים עד לכדי סוג של עבודה זרה, או אפילו קבלת מקור סמכות אחר מאשר זה של ריבונו של עולם. באותה מידה שאנו שומרים על הגוף שלנו שלא ייפגע אנו חייבים לשמור על הנפש. פסוקים אלו כאמור אינם עוסקים בהקשרם המקורי בשמירת הנפש במובנה הפיזי, והם נסובים אודות דברים אחרים, אך מובא בתלמוד שהגמון אחד למד משם על החובה להיזהר בשמירת הנפש התלמוד מספרת על חסיד שמיאן להפסיק את תפילתו כאשר פנה אליו הגמון נכרי. ההגמון תמה על מעשיו של החסיד אמר לו: ריקא, והלא כתוב בתורתכם 'רק השמר לך ושמור נפשך', וכתיב 'ונשמרתם מאד לנפשתיכם' – כשנתתי לשלום למה לא החזרת לי שלום? אם הייתי חותך ראשך בסייף מי היה תובע את דמך מידי, החסיד השיב לו מה שהשיב, ונפטר לביתו לשלום(ברכות ל"ב ע"ב). אך סוף סוף למדנו מכאן, כי מקראות אלה מהווים מקור מרכזי לחובת שמירת הנפש מפני סכנה.  מכאן הסיק רבי מרדכי יפה בספר ה"לבוש" שיש במשמעות אלו הלשונות שצריך האדם לשמור את נפשו שלא יביא את עצמו לידי סכנה. הרמב"ם למד מפסוקים אלו את חובת שמירת הגוף "כל מכשול שיש בו סכנת נפשות, מצוַת עשה להסירו ולהשמר ממנו ולהִזהר בדבר יפה יפה, שנאמר: "השמר לך ושמור נפשך". ואם לא הסיר, והניח המכשולות המביאין לידי סכנה, ביטל מצות עשה ועבר על "לא תשים דמים" (הלבות רוצח ושמירת הנפש פר' י"ד ה"ד).

אופן הפעולה של חיסונים הוא הכנת המערכת החיסונית הטבעית להתמודדות עם מזיקים זרים לה. כשהגוף מזהה גורם מזיק הוא מפתח נוגדנים שחלקם פועלים על ידי ניטרול התא הפולש וחלקם משמשים כאמצעי זיהוי וסימון שנצמדים לתאי הפולש ובכך מאפשרים לתאי הדם הלבנים לזהות ולתקוף את הפולש.

בעל המנחת-חינוך התקשה על פירושו של הרמב"ם, הלא פירושו של הרמב"ם לביטויים אלו קוטע אותם מתוך הפסוקים, ומפרש אותם בניגוד לפשוטם כמתייחסים לסכנת הנפשות (מצווה תקמ"ו, אות י"א): המנחת-חינוך הסביר (בקומץ-המנחה שם), שבמקום אחר למדו חז"ל מביטוי זה איסור על אדם לקלל עצמו (שבועות ל"ו ע"א) ואולי אפשר ללמוד מכך שהייתה להם מסורת שהפסוק "הִשמר לך ושמור נפשך" מתייחס גם לשמירת הגוף. אכן הרמב"ם מדגיש כי חובות אלה אינן מפורשות בתורה, ומקורן בדברי חכמים,  הרבה דברים אסרו חכמים מפני שיש בהם סכנת נפשות וכל העובר עליהן ואמר הריני מסכן בעצמי ומה לאחרים עלי בכך או איני מקפיד על כך מכין אותו מכת מרדות שם (פרק י"א הל' ה'). הרמב"ם מצטט פסוק מפורש בתורה, המהווה, לדעתו, מקור לחובת שמירת הנפש. יש להעיר, כי הלבוש למד מלשון הרמב"ם שנראה כי חובת "ונשמרתם מאוד לנפשותיכם" בהקשר של שמירה מפני סכנה היא מדאורייתא. אך כאמור, גם אם נקבל את ההבנה הפשוטה יותר, שלפיה מדובר על חובה מדרבנן, דברי הרמב"ם נחרצים וברורים, שאמנם מדובר על חובה גמורה, ואדם לא יוכל להכניס עצמו לסכנה מיותרת. הרמב"ם במקום אחר קובע: "הואיל והיות הגוף בריא ושלם מדרכי השם הוא, שהרי אי אפשר שיבין או ידע דבר מידיעת הבורא והוא חולה, לפיכך צריך להרחיק אדם עצמו מדברים המאבדים את הגוף, ולהנהיג עצמו בדברים המברים והמחלימים (דעות ד') על ביטוי מיוחד זה שכותב הרמב"ם – "אי-אפשר", אמר הרב יחזקאל אברמסקי זצ"ל, מחבר פירוש "חזון יחזקאל" על התוספתא, כי כאשר הרמב"ם אומר שאי אפשר, הכוונה היא בצורה חד משמעית שאי אפשר! להבין או לדעת משהו  מידיעת הבורא כשהאדם לא בריא.

מרבית החיסונים פועלים באמצעות הכנסה של הגורם המזיק אנטיגן בגרסה מוחלשת, או מומת, אל הגוף, מתוך כוונה שהמערכת החיסונית תלמד לזהות אותו כמזיק ובעקבות זאת תייצר עבורו נוגדנים, תחסל אות, ותייצר תאי זיכרון ייחודיים לו. חיסון מסוג זה נקרא חיסון פעיל הרופא הבריטי, אדוארד ג'נר פיתח את החיסון הפעיל הראשון בעולם.

מכאן נאמר כי בדברים אלו קובע לנו הרמב"ם את נושא הבריאות כיסוד לכל התורה כולה, עד כדי כך שאין ספק לומר כי השמירה על חוקי הבריאות היא מצוה מן התורה, ומצוה זו לא נמנתה כמצוות עשה, כי זו מצוה יסודית, שכל המצוות תלויות בה, שהרי אדם אינו יכול לקיים את רוב המצוות מתוך חולי ולכן צריך אדם להשקיע כל מאמץ כדי ללכת בדרכי הבריאות, על פי יסודות כללי הבריאות, ואם בא לידי חולי, להיוועץ ברופאים כדי שיבריא. יש במודעות לתזונה נכונה בימינו, וכן בשמירה על היגיינה והקפדה על התעמלות, ערך מצד עצמם, כיון שבכך מוסיפים בני אדם בריאות גופנית ונפשית, מאריכים ימים וזוכים לראות בנים ובני בנים. יש בתזונה הנכונה ערך מוסרי נלווה, כי על ידה מתרגלים בני אדם לא להיות משועבדים לתשוקת האכילה, שהרי נמנעים לגמרי ממאכלים שנחשבים טעימים כמו אלה מרובי הפחמימות והשומנים, וכן ממעטים בכלל מאכילה יתירה ככל שיורו אותם הרופאים והדיאטנים. מרן הראי"ה קוק זצ"ל, כתב בנושא הצמחונות, את "חזון הצמחונות והשלום", בספר מובא רעיון כי בחוקי התורה יש הכנה למה שהיה בימי בראשית, אז נאסר על האדם לאכול בשר. יש בכך גערה נסתרת של התורה להימנע מהיתר בשר תאווה, וכי היתר האכילה הקיים בימינו, הוא רק בגלל ירידת העולם וכך מתאר הנביא את אחרית הימים: "וגר זאב עם כבש ונמר עם גדי ירבץ", מכאן נאמר: אם לעתיד לבוא בעלי-החיים לא יאכלו זה את זה, האם אנו נאכל אותם?! סיבה נוספת לבעייתיות באכילת בשר היא ההבנה כי יש למאכלים השפעה מכרעת על נפש האדם, מכאן גם נובעים דיני כשרות, לפיהם יש להיזהר מאכילת מאכלים מסוימים. אמנם, טעם השמירה על הכשרות הוא בראש ובראשונה כי הקב"ה ציווה על כך, אך גם ניתן לומר כי העובדה ששמירת הכשרות מועילה לנפש מועילה גם לגוף, ומה שטוב לנפש – טוב גם לגוף, שהרי רפואת הנפש והגוף תלויים זה בזה

בחיסון סביל, לעומת זאת, מחדירים אל הגוף נוגדנים באופן ישיר, חיסון כזה מתבצע כשיש צורך לטפל באופן מיידי בזיהום חמור, ולא ניתן לחכות עד שהגוף ייצר בעצמו נוגדנים. ישנן מחלות עבורן מספיק חיסון בודד או סדרת חיסונים בודדת, אולם ישנן מחלות שהגוף שוכח אותן ולכן נוצר צורך לחזור על החיסון מדי כמה שנים, ואף מדי חודשים.

ההלכה מחייבת להתחסן למניעת מחלות, בעל תפארת ישראל כותב שמותר להתחסן נגד אבעבועות שחורות, אף שאחד מאלף מת כתוצאה מהחיסון, כיון שאם יחלה הסכנה קרובה יותר, ולכן רשאי להכניס את עצמו בסכנה רחוקה כדי להציל את עצמו מסכנה קרובה (יומא פ"ח, מ"ו), ומביא ראיה לדבריו מהבית יוסף שכתב בשם הירושלמי שחייב אדם להכניס את עצמו בספק סכנה כדי להציל את חברו מוודאי סכנה (חו"מ סי' תכ"ו). שם מדובר על מי שרואה את חברו טובע בנהר, והרי ברואה חברו טובע בנהר אין זה ודאי שיטבע אם לא יצילו, כי אפשר שינצל בדרך אחרת, ובכל זאת חייב האדם להיכנס לספק סכנה כדי להצילו. ואם להציל את חברו יש חיוב להכניס את עצמו בספק סכנה, כ"ש שיש לו רשות להכניס את עצמו בספק סכנה כדי להציל את גופו, על זה יש להוסיף שהסיכון בזמנו היה גדול לאין שיעור בהשוואה לחיסונים של ימינו, וכשסיכון כל כך קטן אינו נחשב כלל כמכניס עצמו לסכנה. אולם מי שיש לו איזושהי הפרעה חיסונית מסתכן כאשר המחלה פוגעת בו, ומסכן בכך את כל אלו מסביב שיש להם בעיות כלשהן ואת הקטנים שטרם נתבשלה אצלם המערכת החיסונית או טרם חוסנו מלוא הצורך. במקרה זה גם אם הם קיבלו חיסון הגוף שלהם יתקשה להתמודד עם המחלה כי הוא חלש יחסית, ונמצא שזה שאינו מחוסן הוא ממש "חב לאחריני" ובמידה והוא חולה יתכן שהוא ממש רודף אותם אפילו שאין זה ברצונו אך באשמתו (סנהדרין ע"ג ע"א, רמב"ם, רוצח ושמירת הנפש, פ"א ה"ו). מצאנו בפוסקים שדנים בחובה להתחסן כפיקוח נפש, כן כתב הרב הרצוג, שדן על חיסון בשבת מחשש להתפשטות מחלה, ומכריע שזה תלוי ברופאים, ואם הם אומרים שהמחלה עלולה להתפשט יש לחסן אפילו בשבת גם אם החיסון כרוך במלאכות מדאורייתא  (שו"ת היכל יצחק אורח חיים סימן ל"א). כיון שהרוב המוחלט של הרופאים סבורים שיש לעשות את החיסונים המקובלים (ע"פ משרד הבריאות וקופ"ח) ודאי שיש חובה לעשותם, ואף לגבי חיסונים שיש לגביהם מחלוקת בין הרופאים אם לעשותם נראה שאף אותם יש לעשות, שלהלכה אנו אומרים שכל ששני רופאים אומרים שיש בדבר משום פיקוח נפש אפי' מאה רופאים אומרים שאין בזה פיקוח נפש, שומעים לשניים, מפני שזה ספק פיקוח נפש (כך עולה ממסקנת הגמ' ביומא פ"ג ע"א והשו"ע תרי"ח ד'), וכן כתב הציץ אליעז י"ז סי' ט"ו).  אומנם בספר נשמת אברהם כתב בשם הרב נויבירט שהורים החוששים אין להכריחם ( סי' תכ"ז ס"ק ב' הערה 5 עמ' רכ"ט), עם כל זאת דעת הרב אלישיב שמוטלת חובה על ההורים להסכים לחיסונים, שכן החיסונים הפכו לשגרתיים וליעילים, וסירוב לחסן את הילדים על יסוד חששות בלתי מאומתים הוא נגד ההלכה.