מקור השם "שפעת" מלטינית. בשנת 1743 התחוללה מגפת שפעת באירופה והרופאים סברו שהיא התפרצה מהשפעה אסטרולוגית שלילית. לאחר מכן כונתה כך המחלה בשל אמונה שההידבקות מושפעת מן הקור. נגיפי השפעת מועברים בין יונקים שנדבקו במחלה בעיקר כאשר אלו מתעטשים ועקב כך מפיצים תרסיס של טיפות מיקרוסקופיות המכיל נגיפים.

פרשת המשכן וכליו חוזרת בפרשיות ויקהל -פקודי על האמור בפרשיות קודמות. בפרשת תרומה מובאים הדברים בדרך של ציווי ואילו בויקהל מתואר הציות של העם ומימוש הציוויים למעשה. עובדה זו מעוררת תמיהה: מדוע התורה כופלת את מעשה המשכן וחוזרת עליו כמעט מילה במילה? תמיהה זו מתחזקת לאור העובדה שבסופו של יום המשכן איננו מבנה קבע ששייך לדורות. המשכן הינו מבנה ארעי, ואילו בית המקדש, שמידותיו היו שונות, הוא שעמד ויעמוד לדורות. מדוע אם כן האריכות בבניין המשכן? הספורנו כתב "וכפל בפרשה זו כל האמור למעלה בצווי בפרשת תרומה, להודיע שעשו הכל בכיוון לעשות כרצון מי שצוה ולתכליתו" (שמות ל"ו ח'). התורה חוזרת ומדגישה בכל שהיה תיאום מדויק בין התכנון לביצוע. בצלאל נקרא כך משום שהוא עמד בצל הא-ל. הצל הוא תעתיק של המקור. האור הוא האידיאה, הצל הוא השלכתו המעשית של האור. היה תיאום מלא בין המטרה לאמצעים, בין הכוונה של משה למעשי בצלאל. אנשי המעשה לא סטו מכוונתם של אנשי הרוח, וגם כשנאלצו מסיבות טכניות להקדים את המשכן לכלים, כפי שהזכירו חכמינו שבצלאל שינה את הסדר מכפי שהופיע בפרשת תרומה, שם הכלים קדמו לבניין, ואילו בפרשתנו הבניין קדם לכלים. לשינוי זה ניתן אישור על ידי משה רבנו.  (ברכות נ"ה ע"א). בדרך זו ביאר הרמב"ן את החזרה בשל שינוי הסדר (שמ' ל"ו ח'). המטרה – השראת השכינה בישראל באמצעות התורה שניתנה בסיני – נותרה בעינה. על ידי החזרה הכפולה מדגישה התורה רעיון זה לא רק כדי לתאר את מה שהיה אלא בעיקר כדי להעביר מסר זה לדורת הבאים. יש לשמור על טהרת הרעיון של המקדש שלא יישחק ברבות הימים, שלא יסטה מן הדרך גם כשיהיו תקלות.   

שפעת היא מחלה זיהומית הנגרמת על ידי נגיף מקבוצת נגיפי ר. נ. א. התוקפת את דרכי הנשימה. בבני אדם המחלה מתבטאת לרוב בחום מעל 38 מעלות צלזיוס, כאב גרון, כאב ראש, נזלת, שיעול, כאבי שרירים, וכן חולשה ועייפות, איבוד תיאבון, ליחה, סחרחורת ובחילה. סיבוך אופייני היא מחלת דלקת ריאות, שעלולה להיות קטלנית לקשישים ומדוכאי חיסון.

במבט נוסף נגלה שגם השמות 'ויקהל' ו'פקודי' מבטאים שני צדדים שונים של מטבע אחת: 'ויקהל' מבטא את האחדות של כלל ישראל, את הקהל הגדול שהיחיד נבלע בתוכו וכמעט שאין לו משמעות וקיום בפני עצמו. לעומת זאת המילה 'פקודי' טעונה ביאור, "אלה פקודי המשכן, משכן העדות, אשר פוקד על פי משה" (שמ'    ). מהי הפקידה הנזכרת בפסוק פעמיים? רוב הפרשנים מבארים בפשטות שמשמעותה לשון מניין – משה רבינו מונה את כל החומרים שניתנו נדבה למלאכת המשכן ומונה בפרוטרוט מה נעשה בכל תרומה ותרומה. פירוש זה למילה 'פקודי' מסתייע גם מהמשך הפסוקים, העוסקים במניין התרומות ומה נעשה בהן, וכן משמע גם מהביטוי המופיע בהמשך "וכסף פקודי העדה מאת כיכר" וכו' (פס' כ"ה), שמשמעותו וודאי לשון מניין, שכן הפסוק עוסק בכסף מחציות השקל שנתנו העדה במהלך המניין שנזכר בפרשת כי תשא. לפי פירוש זה, המילה פקודי מבטאת למעשה את כל הפרטים, היוצרים בסופו של דבר את הכלל השלם ואת הקהל הגדול. במיוחד בולט הדבר בביטוי "פקודי העדה" – כל אחד ואחד נפקד ונתן מחצית השקל, וביחד התהוותה העדה. אם כן 'ויקהל' הוא כנגד הציבור, שכל פרט אין לו משמעות ללא הכלל, והרי הוא בבחינת 'פרט הצריך לכלל'. 'פקודי' הוא כנגד הפרטים, שהכלל איננו קיים בלעדיהם, והרי הוא בבחינת 'כלל הצריך לפרט'. במשכן באו שני צדדים אלו לידי ביטוי. על מנת לכונן בניין עדי עד לא ניתן לסמוך על ניסים החורגים מדרך הטבע דוגמת הורדת המן, על יצירת אימה, חיל ורעדה דוגמת מעמד הר סיני,  על מנהיג כריזמטי. כעת יש צורך במודל אחר המתבסס על הירתמות הכלל, הציבור, להגשמת האידאל. הרתמות זו מחייבת התגייסות של כל אחד ואחד מן כלל לפי יכולותיו וכישרונותיו. 

השפעת מתפשטת בהתפרצויות עונתיות העלולות לקטול מיליוני בני אדם כאשר מדובר במגיפה כלל עולמית, פנדמיה, במהלך המאה ה-20 התרחשו שלוש פנדמיות של שפעת, כל אחת מהן כתוצאה משינוי גנטי משמעותי בנגיף. שפעת העופות שנתגלתה לראשונה באסיה בתחילת שנות ה -90 של המאה העשרים היא קטלנית ביותר.

שתי מימרות של ר' חנינא עוסקות ביחס שבין בחירתו החופשית של האדם לבין שליטתו של הקב"ה בהנהגת העולם. האחת, "ואמר ר' חנינא, מה ד' אלוקיך שואל מעמך כי אם ליראה…" (ברכות ל"ג ע"ב). השנייה, "הכל בידי שמים חוץ מצנים פחים, שנאמר "צִנִּים פַּחִים בְּדֶרֶךְ עִקֵּשׁ, שׁוֹמֵר נַפְשׁוֹ יִרְחַק מֵהֶם" (משלי כ"ב ה') (ע"ז ג'). מימרות אלו נראות כסותרות, שכן, אם "הכל בידי שמיים חוץ מיראת שמיים", אזי אף "צינים פחים", בידי שמיים, ואם "הכל בידי שמיים חוץ מצינים פחים", הרי שיראת השמיים היא גם בידי שמיים, בעיה זו העסיקה רבים, בעלי התוספות כתבו "דאמר הכל בידי שמים חוץ מצינים ופחים הכא איירי בתולדות האדם ובמדותיו, והתם מיירי במאורעות כגון חלאים ופורעניות" (כתובות ל' ע"א), כלומר, יש לחלק בין מאורעות הבאים על האדם לבין מידות האדם. ביחס למאורעות הבאים על האדם, הכול בידי שמיים, חוץ מקור וחום, ואולם ביחס לאדם ומידותיו, יראת השמיים מסורה לאדם, בראשונים, ישנם שני הסברים לביטוי "צינים פחים", רש"י ותוספות פירשו "קור וחום". לעומת זאת הריטב"א פירש "חום וקור לאו דווקא אלא כל דבר שיכול להישמר מפניו, כגון דברים המזיקים" (בבא בתרא, קמ"ד ע"ב). הראב"ד כותב, "ובזה האופן חייב להישמר מן המזונות והסמים הממיתים" (ספר האמונה הרמה, מאמר שני עיקר ו'). לדבריו, "צינים פחים", אינו אלא ביטוי לכל סוגי המזיקים שעלולים לבוא על האדם, מכוח מעשיו שאינם בידי שמיים, בניגוד לפגעים ונזקים שאינם תוצאה של מעשי האדם כי אם של כוחות הטבע. להגדרות אלו השלכה מעשית בנושא ברכת "הגומל", שכן אם ניצל מפגע שאינו בידי שמיים, לא ראוי שיברך "הגומל לחייבים טובות", שהרי פשיעה היא מצידו (שו"ת ישכיל עבדי, או"ח ח"ב סי' ז'). לעומתו הרב עובדיה יוסף פסק ביחס לאדם שהזיק לעצמו שלא יברך ברכת "הגומל" (שו"ת יחווה דעת ח"ד סי' י"ד).

בעשרות השנים האחרונות, בכל המקרים שבהם העולם הכיר במועד בעובדה שמדובר במגיפה, והתגייס להתמודד איתה, ההתפשטות שלה ירדה, אין למומחים הסבר להיעלמותן של מגפות, כמו הסארס, כשם שאין הסבר ברור להופעתן. אבל ברור שהצעדים החריפים לבידוד, הסגרה וסניטציה מנעו ממנה להפוך למגיפה גדולה הרבה יותר, בידוד החולים והאזורים הנגועים, עד תום תקופת הדגירה של המחלה כדי לוודא שהוא בריא הכרחיים.

בתלמוד מובא מעשה, שאל רבי יצחק את רב נחמן, מדוע לא בא מר לבית הכנסת להתפלל? אמר לו רב נחמן, לא חשתי בטוב, אמר לו ר' יצחק, היה לו למר לאסוף עשרה אנשים לביתו, ולהתפלל עמהם בציבור, אמר לו רב נחמן, טורח היה עלי לאסוף עשרה אנשים, אמר לו ר' יצחק היה לו למר להודיע לשליח הציבור שיודיע לו את הזמן שמתחילים להתפלל, זאת בשל מעלת התפילה בציבור, שאין הקב"ה מואס בתפילתם (ברכות דף ז' ע"ב). רבי חיים פלאג'י, שקיבץ עניינים רבים על המגיפה בספרו 'רפואה וחיים' כותב, "הוי זהיר להרחיק עצמך ממי שהוא ניגף וממלבושיו ומשכונתו"  (שם, פרק ה' אות נ"ד), ועוד כתב "וקודם צאתך מביתך תרחץ פניך וידיך בחומץ עם מי וורדים וכו' (שם באות ס'). וביחס לתפילה בציבור כתב  בשם שו"ת הרשב"ש (סי' קצ"ה), "הבל תינוקות של בית רבן ותפלה בצבור בעשרה, הוא ענין גדול ותקנה לזמן מגפה" (שם אות מ"ח). על כן יש לבחון היטב את האפשרויות העומדות בפני הציבור, מחד, לשמור על התפילה בבית הכנסת, ומאידך, להקפיד באדיקות על הוראות משרד הבריאות והנחיות הרופאים, וכפי שהתריע על כך הגאון רבי עקיבא איגר כשהשתוללה מגיפה בפוזנה לפני 190 שנה קבע הגאון כמה וכמה כללים למניעת התפשטות מחלת הכולרה ולבידוד האזורים הנגועים, הוא מינה וועד שיהיה אחראי על ההיגיינה במרחב הציבורי, ועל המודעות לה בקרב התושבים, בנוסף דאג הרב שהוועד יממן שירותי ניקיון לבתי העניים, והפיץ כרוזים הלכתיים בדבר החובה לשמור על הבריאות  על ידי הרתחת מי השתייה ושמירה על ניקיון אישי. וכך כותב הגאון רבי עקיבא איגר במכתב לרב קהילת פלעטשען "בעניין תפלה בבית הכנסת, לדעתי זה אמת שהקיבוץ במקום צר אינו נכון, אבל אפשר להתפלל כתות כתות ובכל פעם במתי מעט, ערך ט"ו אנשים, ולומר אחר התפילה ערב ובוקר תהלים איזה מזמורים שיבחר ואחר כך הנוסח אל רחום שמך, ענינו, מי שענה, ויהי רצון אחר התהלים, ולהזכיר בתוכו גם על המלך ירום הודו, וזרעו ושריו, וכל שוכני ארצו, ולומר בבוקר ובערב פרשת התמיד בצבור, כל נוסח פרשת הקטורת", בהמשך מכתבו כותב "ולחוש שלא ידחקו אנשים יותר מט"ו לבא לבית הכנסת, ואפשר על ידי עמידת שומר מפאליציי שומר מהמשטרה, להשגיח בזה, שמאחר ויש כבר כפי המספר אל יניחו לאחר לבוא לשם עד אחר ישלימו הם, ואם יסרבו טוב להעביר לרשויות דפה, ובדאי תצליחו אם תזכירו את שמי שהזהרתי אתכם, שלא להיות קיבוץ גדול, בבית הכנסת במקום צר, ושיעצתי לכם הסדר הנ"ל, וגם האזהרה באמירת תהילים ולהתפלל על המלך ירום הודו" (חידושי הגרק"א במסכת נדרים דף ל"ט).